Strategija Misije na polju visokog obrazovanja usredsređena je na institucionalnu reformu i obuku nastavnog osoblja.
Misija pomaže javnim, obrazovnim ustanovama na Kosovu, da usklade svoje mandate sa relevantnim međunarodnim standardima. Misija radi na poboljšanju pristupa kvalitetnom obrazovanju u okviru podrške ne-većinskim zajednicama, sa namerom da pomogne njihovo društveno-ekonomsko uključivanje.
Aktivnosti Misije na Univerzitetu u Prištini, i Univerzitetu u Mitrovici na srpskom jeziku, obuhvataju pružanje ekspertize i izgradnju institucionalnog potencijala u skladu sa kriterijumima predviđenim Bolonjskim procesom – inicijativom koja je utvrdila prioritete za Evropsku oblast visokog obrazovanja do 2020. godine.
Zahvaljujući naporima Misije za izgradnju potencijala, univerzitetu su sproveli nastavne reforme zasnovane na rezultatima učenja i Evropskog sistema prenosa bodova. Oni takođe čine početne napore u razvoju sistema kontrole kvaliteta, istraživačkih potencijala i usluga za podršku studentima, kao što su savetovališta o karijeri.
Misija takođe nastavlja da daje prioritet obrazovanju nastavnog osoblja iz ne-albanskih zajednica, uključujući program obuke profesora iz bošnjačke zajednice na Kosovu. Sve inicijative za izgradnju potencijala su prilagođene potrebama različitih zajednica i izvode se na njihovom maternjem jeziku.
Na Univerzitetu u Prištini u toku je projekat razvoja Nastavničkog centra u Prizrenu. Kako bi se dalje poboljšao kvalitet nastave i istraživanja na ne-albanskim jezicima, Misija promoviše institucionalnu saradnju između univerziteta u Prištini i univerziteta u Bosni i Hercegovini i Hrvatskoj, koji su sada ratifikovani.