Drept urmare a Summitului şefilor de stat din cadrul OSCE desfăşurat la Istanbul în 1999, Misiunea OSCE în Moldova a fost mandatată să asigure transparenţa în procesul de retragere şi distrugere a muniţiilor şi armamentului rusesc, precum şi să coordoneze asistenţa financiară şi tehnică pentru a facilita retragerea şi distrugerii acestora.
În perioada 2000-2001, Federaţia Rusă a retras pe cale ferată 141 unităţi de artilerie autopropulsată şi alte vehicule blindate şi a distrus pe loc 108 tancuri T-64 şi 139 unităţi de echipament militar în conformitate cu Tratatul privind Forţele Convenţionale din Europa (TFCE). În decursul anilor 2002 şi 2003, militarii ruşi au distrus alte 51 de vehicule blindate, asupra cărora nu se extind restricţiile Tratatului FCE.
De asemenea Misiunea a monitorizat şi a verificat retragerea a 11 trenuri încărcate cu echipament militar şi 37 trenuri încărcate cu peste 22,000 tone de muniţii. Din martie 2004 însă nu au mai avut loc activităţi de retragere şi alte 20,000 tone de muniţii, precum echipamentul militar rămas, urmează să fie retras.
Misiunea a cooperat cu succes cu oficialii militari ruşi staţionaţi în regiune pentru a urmări şi verifica pe teren distrugerea echipamentului militar rusesc.
Misiunea şi inspectorii din cadrul TFCE din diferite state participante la OSCE sunt pregătiţi să verifice procesul de distrugere a echipamentului şi de retragere a acestuia. Fondurile OSCE sunt disponibile să compenseze Ministerului Apărării rus cheltuielile suportate în procesul de retragere, conform acordurilor.
Timp de mai mulţi ani, Misiunea participă la discuţii ce promovează transparenţa militară şi consolidarea încrederii dintre părţile în conflict. În prima jumătate a anului 2004, experţii Misiunii au elaborat un set din 14 acorduri privind măsurile de consolidare a încrederii şi securităţii. Acestea au fost prezentate, în luna iunie 2004, liderilor moldoveni şi transnistreni de către Preşedintele în exerciţiu al OSCE.
O versiune revizuită a pachetului de măsuri de consolidare a încrederii şi securităţii, care încorporează comentariile şi sugestiile experţilor în domeniul controlului de armele din Federaţia Rusă şi Ucraina, a fost prezentată părţilor la 12 iulie 2005.
Propunerile prezintă proiecte de acorduri privind posibile reduceri de forţe militare şi armament. Pachetul mai include şi propuneri referitoare la sporirea contactelor, monitorizarea uzinelor de fabricare a armelor, cursuri de instruire comune în domeniul operaţiunilor de sprijin al păcii, cursuri de instruire comune în domeniul inspectării, operaţiuni comune de reducere a consecinţelor dezastrelor, precum şi proceduri comune de eliminare a surplusului de muniţii şi armelor de calibru mic.
Practic, toate măsurile propuse se bazează pe măsurile de consolidare a încrederii şi securităţii existente care s-au dovedit a fi de succes, precum Tratatul FCE, Acordurile de Pace de la Dayton, Documentul de la Viena 1999, Ghidul OSCE al bunelor practici în domeniul armelor de calibru mic şi armament uşor şi Documentul OSCE privind stocurile de armament convenţional.
Misiunea OSCE promovează măsuri de încurajare a unor discuţii constructive privind punerea în practică a pachetului de măsuri de consolidare a încrederii şi securităţii, precum şi alte măsuri menite să consolideze încrederea în sfera militară.
De asemenea, Misiunea OSCE colaborează îndeaproape cu Ministerul Apărării al Republicii Moldova în domeniul activităţilor ce ţin de implementarea bunelor practici în domeniul gestionării stocurilor de arme de calibru mic, armament uşor, precum şi a muniţiilor în interesul stabilităţii regionale şi neproliferării.