În primăvara anului 1992, a avut loc escaladarea conflictului între autorităţile transnistrene şi conducerea centrală de la Chişinău. Ciocnirile violente s-au soldat cu câteva sute de victime şi peste 100,000 de refugiaţi. Un acord de încetare a focului a fost stabilit în iulie 1992, iar părţile s-au angajat să negocieze pe marginea reglementării conflictului.
În 1993, OSCE (atunci CSCE) a înfiinţat o Misiune în Moldova pentru a susţine eforturile de identificare a căilor pentru reglementare paşnică a acestui conflict. Misiunea a început activitatea în capitala Republicii Moldova, Chişinău, în luna aprilie a aceluiaşi an. În februarie 1995 Misiunea a deschis un birou în centrul administrativ al Transnistriei, Tiraspol, şi în mai 2003 - un birou la Bender.
Obiectivele principale ale Misiunii sunt de a oferi asistenţă în procesul de negociere a unei soluţionări politice durabile a conflictului transnistrean, de a consolida independenţa şi suveranitatea Republicii Moldova, de a ajunge la o înţelegere privind statutul special al regiunii transnistrene.
Prin activitatea sa, Misiunea cuprinde un spectru larg de probleme ce ţin de dimensiunea umană, inclusiv drepturile omului şi cele ale minorităţilor, democratizare, libertatea presei şi combaterea traficului de fiinţe umane. Începând cu anul 1999, Misiunea are mandatul de a facilita retragerea şi distrugerea muniţiilor şi armamentului rusesc din regiune şi de a asigura transparenţa acestui proces.
Mai multe informaţii despre mandat, statele de personal şi buget pot fi găsite în ancheta anuală a misiunilor în teren ale OSCE.